تعمل مؤسسة أمناء الأقصى لدعاة وخريجي الشريعة على تنفيذ مجموعة من المشاريع القرآنية والدعوية والتعليمية داخل فلسطين، انطلاقًا من مسؤوليتها في خدمة كتاب الله تعالى، ورعاية أهل القرآن، ودعم المساجد والمصليات، وتعزيز الحضور العلمي والإيماني في القدس وغزة وسائر أرض فلسطين.
تركز مشاريع المؤسسة على إحياء المجالس القرآنية، ودعم حلقات الحفظ والسرد، وتأهيل الدعاة وطلبة العلم، والمساهمة في إعمار بيوت الله، لتبقى رسالة القرآن حاضرة في ميادين الرباط والصمود.